清代（公元1644~1911年）：在《本草纲目》的影响下，研究本草之风盛行。一是由于医药学的发展，进一步补充修订《本草纲目》的不足，如赵学敏的《本草纲目拾遗》；二是配合临床需要，以符合实用为原则，由博返约，对《本草纲目》进行摘要、精减、整理工作，如汪昂的《本草备要》、吴仪洛的《本草从新》等；三是受考据之风影响，从明末至清代，不少学者从古本草文献中重辑《神农本草经》，如孙星衍、顾观光等人的辑本，不少医家还对《神农本草经》作了考证注释工作，如《本经逢原》。
　　《本草纲目拾遗》（1765年）为赵学敏所着，全书共十卷，载药921种，在《本草纲目》之外新增药物716种。按《本草纲目》16部分类，除人部外，把金石分为两部，又增藤、花两部，共18部。补充了太子参、于术、西洋参、冬虫夏草、银柴胡等临床常用药；及马尾连、金钱草、独角莲、万年青、鸦胆子等疗效确切的民间草药；同时还收集了金鸡勒、香草、臭草等外来药，极大地丰富了本草学的内容。它不仅拾《本草纲目》之遗，而且对《本草纲目》已载药物治疗未备、根实未祥者，也详加补充。卷首列正误34条，对《本草纲目》中的错误加以订正。他在《本草纲目》的基础上创造性发展了本草学，出色的完成了我国本草学第六次大总结，他是继李时珍之后我国又一位伟大的药物学家。
　　以《本草纲目》为基础，删繁就简，切合实用的本草着作有刘若金的《本草述》（1666年）。全书32卷，依《本草纲目》分类法，集691种常用药，重点介绍药性特点及临床应用，引证各家论述，参以已见，是一部很有影响的着作。杨时泰将本书再次精减整理，编辑成《本草述钩元》。汪昂的《本草备要》（1694年），全书8卷，从《本草纲目》选录478种临床常用药，概述性味、主治功用，附图400余幅，在凡例和药性总义中阐述汪氏见解，卷帙不繁，内容精炼，广为流传。吴仪洛的《本草从新》（1757年）为补订《本草备要》而作，载药721种，除介绍性味、主治外，对辨伪、修治也有论述，内容更加完善，深受医家喜爱。《得配本草》（1761年）为严西亭所着，全书十卷，附药考一篇，选自《本草纲目》647种药，除论述药性主治外，重点详述各药之间的相互配伍应用，是一部探讨中药配伍规律的本草。黄宫绣的《本草求真》（1769年），十卷，载药520种，上篇详述药物形态、性味、功用等，下编阐述脏腑病证主药、六淫病证主药、药物总义等内容，也是切合临床实际的本草。此外，王子接的《得宜本草》、黄元御的《玉楸药解》都是属于这类由繁返约的本草。
　　从历代医药文献中重辑《神农本草经》，现行版本有孙星衍、孙冯翼合辑本（1799年），三卷，载药365种，取材于《证类本草》，并校以《太平御览》等，每药正文之后，增加了《吴普本草》、《名医别录》及其它文献资料，是一部学术水平较高、影响较大的重辑本。顾观光辑本（1844年），四卷，也取材于《证类本草》，按《本草纲目》所载"本草经药物目录"编排，除考证书中条文外，对药物也作了一些校勘，虽不如孙本完善，但突出了用药原则，是本书特点。再有日本森立之辑本（1854年），三卷，考异一卷。书中药品次序、文字均系采自《新修本草》，并参考了《千金方》、《医心方》及日本《本草和名》等书而辑成，载药357种。因《新修本草》所收《神农本草经》的资料最接近原书内容，故森立之所辑原文也最可靠，同时所附考异一卷，引证广博而严谨，很有学术价值，这是迄今较为完善的辑本。此外，还有明?卢复、清?黄?等辑本，对学习研究《神农本草经》都有参考价值。
　　注释发挥《神农本草经》的着作，明末（1625年）缪希雍即写成《神农本草经疏》。全书30卷，载药490味，据经以疏义，缘义以致用，互参以尽其长，简误以防其失，以《神农本草经》、《别录》等主要文献为依据，结合临床实际、注释、订正、阐明药性，多有发挥，并附各家主治、配方、禁忌等内容，是部很有影响的本草学着作，故前人有"经疏出而本草亡"的赞誉。继《神农本草经疏》之后，清代有邹澍的《本经疏证》（1837年）、《本经续要》（1840年），作者以《神农本草经》为主，以《别录》、《唐本草》和《本草图经》为辅，取《伤寒》、《金匮》、《千金》、《外台》各书古方，交互参考，逐一疏解。他以经方解释《本经》，用《本经》分析古方，注疏中注意理论联系实际，对研究《本经》和汉、唐经方、古方颇有影响。张璐的《本经逢原》（1695年），四卷，以《神农本草经》为基础，载药700余种，阐述药物的性味、效用、真伪优劣等，论述中选用诸家治法及本人治验心得，是部侧重实用、宜于临床参考的着作。张志聪的《本草崇原》（1767年），三卷、收《神农本草经》药物290种，每药先列《神农本草经》原文，然后注释包括别名、产地、历代医家见解、临床应用等内容，阐述纲要详尽，且多有发挥。此外，《本草经解》、《神农本草经合注》等，都是很有影响的《神农本草经》注疏专着。
　　清代专题类本草门类齐全，其中也不乏佳作。如张仲岩的《修事指南》，它是张仲岩将历代各家有关炮制记载综合归纳而成，该书较为系统地论述了各种炮制方法。又如吴其浚的《植物名实图考》，书中每种植物均详记形态、产地、栽培、用途、药用部位、效用治验等内容，并附有插图，为我们研究药用植物提供了宝贵的文献资料。